1. Керівництво
2. Центр економіки і фінансів
2.1. Відділ бухгалтерського обліку та фінансової звітності
2.2. Відділ оплати праці
2.3. Відділ планування і фінансування
3. Відділ закупівель і договірної діяльності
4. Відділ персоналу
5. Юридичний відділ
6. Відділ адміністративної роботи
7. Сектор архівної роботи
8. Відділ комунікації з медіа
9. Відділ ресурсного забезпечення
9.1. Сектор експлуатації нерухомого майна
9.2. Сектор резервів та управління майном
10. Відділ міжнародного співробітництва
11. Сектор охорони праці
12. Сектор з питань запобігання та виявлення корупції
13. Відділ модернізації мережі спостережень
14. Відділ оперативного забезпечення та аналітики
15. Головний центр аналізу, прогнозування гідрометеорологічних умов та гідрометеорологічного забезпечення
15.1. Відділ організації роботи систем спостережень та прогнозування
15.1.1. Сектор системи гідрометеорологічних спостережень
15.1.2. Сектор гідрометеорологічного забезпечення
15.1.3. Сектор гідрометеорологічного обслуговування
15.2. Відділ метеорологічних прогнозів
15.2.1. Сектор прогнозування
15.2.2. Сектор попередження
15.2.3. Сектор кліматичного обслуговування
15.2.4. Сектор метеорологічного інформаційного забезпечення
15.3. Відділ агрометеорології
15.3.1. Сектор прогнозування по Україні
15.3.2. Сектор прогнозування по Київській області
15.3.3. Сектор агрометеорологічного режиму
15.3.4. Сектор агрометеорологічного інформаційного забезпечення
15.4. Відділ гідрологічних прогнозів
15.4.1. Сектор прогнозування
15.4.2. Сектор попередження
15.4.3. Сектор гідрологічного інформаційного забезпечення
16. Головний центр технічного обслуговування засобів вимірювання
16.1. Відділ метрологічного забезпечення засобів вимірювання
16.2. Відділ технічного обслуговування та ремонту засобів вимірювання
16.3. Відділ нормативного забезпечення та якості
17. Центр прогнозування наслідків радіаційних аварій
17.1. Відділ моделювання
17.2. Відділ аналізу та візуалізації радіологічної інформації
17.3. Відділ технічного супроводження оброблення радіологічної інформації
18. Центр інформаційно-комунікаційних систем
18.1. Відділ інформаційних технологій
18.2. Відділ технічного обслуговування програмно-технічних засобів
18.3. Відділ супроводження інформаційних систем
18.3.1. Сектор розвитку інформаційних систем
18.3.2. Сектор адміністрування інформаційних систем
18.3.3. Сектор технічної підтримки інформаційних систем
18.4. Відділ зв’язку та обміну даними
18.4.1. Сектор автоматизованого прийому та передавання інформації
18.4.2. Сектор контролю оперативної інформації
18.4.3. Сектор оброблення інформації
19. Автотранспортне відділення
20. Відділення технічного забезпечення
21. Відділення господарського забезпечення
22. Відділення охорони